文學院自1987年以來設立了以下研究機構：

語言文學研究所（1987年始設）

中國文獻學研究中心（2002年始設）

李贄學術研究中心（1993年始設）

古籍整理研究所（1994年始設）

美學研究所（1995年始設）

中國當代文學研究中心（1995年始設）

兒童文學研究所（1996年始設）

普通話測試中心（1998年始設）

語言研究中心（2000年始設）

比較文學與比較文化研究所（2000年始設）

中國女性文學研究中心（2000年始設）

中國古典文獻暨古文字研究中心（2002年始設）

中國文學思想研究中心（2005年始設）

中國兒童影視創作研究中心（2005始設）

北京話研究中心（2007年始設）

國學傳播中心（2007年始設）

北京語言文化研究基地（2008年始設）

民族藝術研究所（2008年始設）

散文研究中心（2010年始設）

文藝學與文化研究中心（2010年始設）

甲骨文研究中心（2012年始設）

中國詩歌研究中心（2000 年始設，教育部批準為省級高校人文社科重點研究基地）

學校重點實驗室言語習得實驗室（2004年）